Calista Flockhart entame une formation d'art dramatique. En 1987, elle est diplômée et fait ses débuts au théâtre, ce qui la conduit à travers le pays. Elle obtient un premier rôle à la télévision face à Kevin Spacey dans Darrow puis elle tient le rôle principal dans The secret life of Mary-Margaret: Portrait of Bulimic.

Calista Flockhart décroche un rôle sur Broadway dans La ménagerie de verre de Tennessee Williams, elle obtient plusieurs prix pour ce personnage et elle décroche par la même occasion un rôle au cinéma dans Quiz Show, un film réalisé par Robert Redford.

C'est pour son premier rôle dans la pièce The Loop de Warren Leight queCalista Flockhart se fait remarquer par Mike Nichols qui lui offre le personnage de Barbara dans Birdcage, le remake de La cage aux folles.

Après ce rôle, Calista Flockhart revient au théâtre et entend parler de la mise en place d'une nouvelle série qui s'intitule Ally McBeal. Bien qu'elle n'ait pas très envie de rejouer à la télévision, elle décroche le rôle et accepte.

Grâce à la série, Calista Flockhart remporte le Golden Globe de la meilleure actrice de comédie en 1998. Elle peut désormais se tourner vers le cinéma grâce à la notoriété que lui a apportée son personnage excentrique.